網(wǎng)上有很多關(guān)于pos機(jī)使用教程ppt下載,「免費(fèi)軟件推薦」Chimera繪制蛋白相似結(jié)合口袋比較圖的實(shí)用教程的知識(shí)，也有很多人為大家解答關(guān)于pos機(jī)使用教程ppt下載的問(wèn)題，今天pos機(jī)之家(m.afbey.com)為大家整理了關(guān)于這方面的知識(shí)，讓我們一起來(lái)看下吧!
本文目錄一覽：
pos機(jī)使用教程ppt下載
Chimera簡(jiǎn)介
UCSF Chimera是一個(gè)可高度延伸的程序，用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互式可視化和分析。主要包括：密度圖，超分子組合，順序排列，對(duì)接結(jié)果，軌跡和構(gòu)象整合。也可以生成高質(zhì)量圖像和動(dòng)畫(huà)。Chimera包括完整的程序說(shuō)明書(shū)和幾個(gè)教程。學(xué)術(shù)，政府和非營(yíng)利機(jī)構(gòu)和個(gè)人使用者可以免費(fèi)下載。
下載方式
UCSF Chimera為免費(fèi)軟件，本例中使用的版本為Chimera-1.15，可根據(jù)電腦系統(tǒng)選擇下載，下載地址如下：
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
此外，也可下載ChimeraX，功能基本相同，命令使用上有細(xì)微差別，下載地址如下：
http://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html
操作演示
本期內(nèi)容為大家分享如何利用Chimera來(lái)繪制活性位點(diǎn)類(lèi)似的兩個(gè)蛋白的結(jié)構(gòu)比對(duì)圖，我們以β-1,4-聚糖酶（PDB ID：1EXP）和纖維生物水解酶I（PDB ID：1CEL）為例進(jìn)行演示。
結(jié)構(gòu)疊合
打開(kāi)軟件后，通過(guò)菜單欄點(diǎn)擊Favorites>Command Line打開(kāi)命令行；
輸入命令導(dǎo)入蛋白結(jié)構(gòu)：
Command：open 1expCommand：open 1cel
也可通過(guò)菜單欄的File>open...來(lái)導(dǎo)入本地文件，或Fetch by ID...來(lái)下載蛋白結(jié)構(gòu)；
使用focus命令使蛋白居中顯示；
Command：focus
1cel蛋白包含兩個(gè)亞基，A鏈與B鏈，我們將B鏈刪除，只保留A鏈；
Command：delete :.bCommand：focus
使用ribbons（顯示為絲帶狀）預(yù)設(shè)，然后暫時(shí)先將所有的原子和鍵隱藏；
Command：preset apply int 1Command：~disp
更改配色方案，將1exp顯示為金色，1cel顯示為青色，并修改背景色更改為白色；注意1exp對(duì)應(yīng)Model 0，1cel對(duì)應(yīng)Model 1；
Command：color gold #0Command：color cyan #1Command：background solid white
下面我們展示兩個(gè)蛋白的活性區(qū)域殘基，并基于這些殘基對(duì)蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行疊合。在本例中，1exp中活性殘基包括W84、N126、E233、Y171以及H205，1cel包含的殘基包括W367、N141、E217、Y145以及H228?？梢宰⒁獾絻蓚€(gè)蛋白中的這些氨基酸殘基的類(lèi)型是相同的，依次輸入以下命令來(lái)進(jìn)行疊合和展示，注意殘基類(lèi)型和順序應(yīng)保持一致；
Command：alias site1 #0:84,126,233,171,205Command：alias site2 #1:367,141,217,145,228Command：alias both site1 | site2Command：disp bothCommand：match iterate 2.0 site2 site1
繪圖調(diào)整
此時(shí)，可以注意到蛋白結(jié)構(gòu)已經(jīng)疊合完成，且我們需要顯示的氨基酸殘基以棒狀結(jié)構(gòu)進(jìn)行了展示，當(dāng)然，這個(gè)圖不夠清晰的展示兩個(gè)結(jié)構(gòu)活性位點(diǎn)的差異性，我們需要進(jìn)一步調(diào)整。
輸入以下命令居中顯示并修改顏色方案：
Command：focus bothCommand：color byhet
通過(guò)增加細(xì)分，使棒狀和絲帶狀結(jié)構(gòu)顯示的更加平滑；
Command：set subdivision 10
下面我們更改一下絲帶狀結(jié)構(gòu)的透明度以突出主體部分，使顯示的更加清晰明了，輸入以下命令，設(shè)置透明度為75%；
Command: transparency 75,r
注意命令里的“r”為“ribbons”的縮寫(xiě)，這樣我們就可以只更改Ribbons的透明度而不影響其他結(jié)構(gòu)。
此時(shí)，可能會(huì)覺(jué)得透明度似乎不均勻，有些局部過(guò)亮，透明的表面在側(cè)視時(shí)看起來(lái)比正面更不透明，不是很自然，可以通過(guò)以下命令來(lái)解決；
Command：set flatTransparency
還可以調(diào)整一些細(xì)節(jié)，如側(cè)鏈棒狀結(jié)構(gòu)末端為圓形，可以通過(guò)以下命令將這些末端弄平；
Command：repr wire @ca
還可以對(duì)絲帶狀結(jié)構(gòu)進(jìn)行更多細(xì)節(jié)的調(diào)整，通過(guò)在菜單欄點(diǎn)擊Tools>Depiction> Ribbon Style Editor打開(kāi)Ribbon Style Editor窗口，在這里可調(diào)整參數(shù)來(lái)改變螺旋、折疊等結(jié)構(gòu)的厚度、寬度等，本例中調(diào)整如下，大家可根據(jù)自己需要進(jìn)行調(diào)整；
調(diào)整時(shí)可通過(guò)點(diǎn)擊“Apply”按鈕來(lái)應(yīng)用設(shè)置，通過(guò)多次調(diào)整來(lái)獲得想要的結(jié)果。通過(guò)點(diǎn)擊Save As可對(duì)調(diào)整后的參數(shù)進(jìn)行保存，下次使用時(shí)，可以通過(guò)直接應(yīng)用命令來(lái)直接應(yīng)用設(shè)置，如我們保存命名為“slim”，則可通過(guò)下面命令直接應(yīng)用；
Command：ribscale slim
我們可以通過(guò)鼠標(biāo)進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、放大縮小、移動(dòng)等操作，來(lái)獲得一個(gè)比較合適的視角，在不斷的調(diào)整過(guò)程中，如果能夠及時(shí)保存某個(gè)合適視角，那就不需擔(dān)心前面工作以及視角的丟失了?？梢酝ㄟ^(guò)以下命令來(lái)分別保存和恢復(fù)視角；
Command：savepos closeupCommand：reset closeup
作圖時(shí)，可能需要兩個(gè)分開(kāi)的蛋白結(jié)構(gòu)并排顯示，比如我們將1exp沿X軸向左移動(dòng)一定距離，而將1cel沿X軸向右移動(dòng)一定距離，即可使兩個(gè)蛋白結(jié)構(gòu)并排顯示，可通過(guò)以下命令來(lái)實(shí)現(xiàn)；
Command：move x -25 models #0Command：move x 30 models #1
同樣的，將該視圖保存一下，之后如果需要恢復(fù)，可以很方便的找到；
Command：savepos sidebyside
現(xiàn)在我們恢復(fù)到前面蛋白疊合的視圖，我們前面將其保存為“closeup”，那么通過(guò)以下命令恢復(fù)該視圖；
Command：reset closeup
如果需要添加標(biāo)簽，可以輸入以下命令顯示Label，并將標(biāo)簽放置在α-碳附近，而不是殘基中心；
Command：rlab @/displayCommand：setattr m residueLabelPos 2
可通過(guò)菜單欄A(yíng)ctions>Label對(duì)標(biāo)簽的顯示樣式進(jìn)行更改，如通過(guò)Actions>Label>residue>custom來(lái)自定義顯示信息；
可通過(guò)Actions>Color對(duì)標(biāo)簽顏色進(jìn)行更改；
如需對(duì)標(biāo)簽進(jìn)行移動(dòng)，可通過(guò)菜單欄Favorites>Preferences打開(kāi)設(shè)置窗口；
在Category右側(cè)的下拉菜單中選擇Mouse，對(duì)鼠標(biāo)按鍵進(jìn)行設(shè)置，如修改Label對(duì)應(yīng)的Button為1，點(diǎn)擊Save，之后便可以通過(guò)鼠標(biāo)左鍵對(duì)標(biāo)簽進(jìn)行移動(dòng)；
使用完成后修改回原設(shè)置即可，當(dāng)然也可修改其他的按鍵。
實(shí)際上，使用Chimera進(jìn)行標(biāo)簽大小、字體、顏色、輪廓線(xiàn)等的調(diào)整并不十分方便，一木比較推薦使用其他工具如PS、AI、PPT等工具另加標(biāo)簽。這里我們先將標(biāo)簽隱藏，輸入以下命令；
Command：~rlab
保存圖片
圖片繪制完成后，就可以對(duì)圖片進(jìn)行保存了，通過(guò)windowsize命令可調(diào)整窗口的大小，來(lái)獲得精確長(zhǎng)寬的圖片；
Command：windowsize 1100 870
通過(guò)菜單欄點(diǎn)擊File>Save Image，然后選擇文件保存位置和圖片格式，一般選擇.png格式，然后點(diǎn)擊Save保存即可。
通過(guò)不同圖片的組合，我們可以得到不同的展示效果，如這里我們借助PS進(jìn)行了圖片組合，展示了兩個(gè)蛋白的整體結(jié)構(gòu)和活性位點(diǎn)的差異性，當(dāng)然這里我們只是簡(jiǎn)單的進(jìn)行了標(biāo)識(shí)，實(shí)際應(yīng)用中可以增加更多的標(biāo)識(shí)來(lái)進(jìn)行圖片的說(shuō)明，大家可以根據(jù)自身的需求，靈活應(yīng)用軟件來(lái)繪制各式的圖片。
總結(jié)
本期一木以β-1,4-聚糖酶和纖維生物水解酶I兩個(gè)蛋白晶體結(jié)構(gòu)為例，為大家分享了在UCSF Chimera軟件中繪制兩個(gè)蛋白相似結(jié)合口袋的比較圖的詳細(xì)步驟，大家可根據(jù)自身需求繪制更多好看的圖片。當(dāng)然，UCSF Chimera的功能遠(yuǎn)不止于此，之后一木會(huì)分享更多的UCSF Chimera使用教程，敬請(qǐng)期待~
以上就是關(guān)于pos機(jī)使用教程ppt下載,「免費(fèi)軟件推薦」Chimera繪制蛋白相似結(jié)合口袋比較圖的實(shí)用教程的知識(shí)，后面我們會(huì)繼續(xù)為大家整理關(guān)于pos機(jī)使用教程ppt下載的知識(shí)，希望能夠幫助到大家！
